在Linux系统中，可以使用以下命令来运行一个JAR包：

1. java -jar 命令：使用Java的命令行工具来运行JAR包。命令的格式为：java -jar filename.jar，其中filename.jar是要运行的JAR包的文件名。这个命令会在JVM上启动JAR包，并执行其中的主类。

2. 执行JAR包的主类：如果JAR包中有一个指定的主类，可以使用以下命令来运行它：java -cp filename.jar mainClass，其中filename.jar是JAR包的文件名，mainClass是主类的全限定名。这个命令会在JVM上启动JAR包，并执行指定的主类。

3. 使用classpath：如果需要在运行JAR包时指定类路径（classpath），可以使用以下命令：java -cp filename.jar:classPath mainClass，其中filename.jar是JAR包的文件名，classPath是要添加到类路径中的目录或JAR包的路径，mainClass是主类的全限定名。这个命令会在JVM上启动JAR包，并设置指定的类路径，并执行指定的主类。

4. 设置运行参数：如果需要在运行JAR包时指定参数，可以使用以下命令：java -jar filename.jar arg1 arg2 …，其中filename.jar是JAR包的文件名，arg1、arg2等是要传递给JAR包的参数。这个命令会在JVM上启动JAR包，并将参数传递给JAR包的主类。

5. 使用shell脚本：如果经常需要运行相同的JAR包，并且需要指定一些固定的参数或者环境配置，可以编写一个shell脚本来实现。在脚本中使用上述命令来运行JAR包，并设置需要的参数。然后使用脚本来运行JAR包，这样可以简化运行命令的过程。

这些是在Linux系统上运行JAR包的常用命令。根据实际需求选择适合的方式来运行JAR包。